（1）設立登記的依據不同。前者依據《公司法》和《公司登記管理條例》；后者依據《個人獨資企業法》和《個人獨資企業登記管理辦法》；
（2）法律性質不同。一人有限公司是一個團體法人，法律賦予它人格，即人格化了的，因此具有獨立的法人資格，可以獨立承擔民事責任，個人獨資企業為一個自然人所有人，不具備法人資格（即是否具備法人資格的不同）；
（3）注冊資金要求不同。前者有最低注冊資金要求；后者對注冊資金沒有限制，自行填報；
（4）企業名稱不同。個人獨資企業的名稱中不得使用“有限”、“有限責任”或者“公司”字樣；前者則可以。
（5）承擔的法律責任不同。一人有限公司的投資人對公司債務承擔有限責任。責任形式是投資人所承擔的風險只限于所投資的那一部分，不涉及投資人的其他個人財產，因為投資人的投資部分和其他個人財產是可以分離的。而個人獨資企業投資人的投資與其個人財產是不分離的，承擔的是無限責任，其責任形式上是個人獨資企業的投資人作為債務人，要以其全部個人財產對其所投資的個人獨資企業債務承擔責任（即是否承擔有限責任或無限責任的不同）。 
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