注冊深圳分公司財務上選擇獨立核算和非獨立核算在報稅上是沒有區別的，只是企業選擇的一種核算方式。
如果總公司在深圳，增值稅和企業所得稅都可以匯總到總公司一起申報，增值稅向總公司所屬稅局進行匯總申報備案，企業所得稅分別向總公司和分公司的所屬稅局進行備案，這樣分公司就不用獨立報稅了。
如果總公司在外地，分公司在深圳，增值稅是要在深圳分公司所屬稅局直接申報就可以，企業所得稅如果要匯總在總公司申報的話，總公司和分公司的所屬稅局都要進行備案，然后總公司先報，然后再分配一定比例給分公司再報（如果增值稅也想匯總在外地總公司一起報的話，會非常麻煩，要國家稅務總局進行審批，所以才建議在分公司直接申報增值稅的）。
另外如果增值稅匯總在總公司申報了，就由總公司開票，分公司不具備開票資格；如果分公司單獨申報增值稅的，就可以自己獨立開票。
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